У циљу извршења законских обавеза и реализације Програма рада, Канцеларија се одлучила за стварање модерне институције за ревизију која би у релативно кратком року, у складу са општеприхваћеним, међународним стандардима ревизије, требала да достигне политичку, финансијску и операциону независност.

Стога је Канцеларија дефинисала слиједеће стратешке циљеве:

• повећати одговорност у потрошњи јавног новца обезбјеђењем и провођењем ревизије финансијских извјештаја, финансијских система и трансакција;
• постићи транспарентност буџетске потрошње кроз објављивање извјештаја о извршеној ревизији и изградњу односа с јавношћу;
• побољшати квалитет и поузданост финансијских процеса и обезбиједити информације и препоруке које утичу на управљање буџетом;
• осигурати законитост у раду буџетских корисника и идентификовати одступања ради предузимања одговарајућих активности;
• омогућити Предсједништву БиХ и Парламентарној скупштини БиХ услове и информације за ефикасно управљање и контролу јавних средстава кроз процес преиспитивања и провјера на основу ревизорских извјештаја;
• повећати повјерење домаће и стране јавности у институције БиХ кроз адекватност финансијских контрола и транспарентност финансијских трансакција