U cilju izvršenja zakonskih obaveza i realizacije Programa rada, Ured se odlučio za stvaranje moderne institucije za reviziju koja bi u relativno kratkom roku, u skladu sa opšteprihvaćenim, međunarodnim standardima revizije, trebala dostići političku, finansijsku i operacionu nezavisnost.

Stoga je Ured definisao slijedeće strateške ciljeve:

• povećati odgovornost u potrošnji javnog novca obezbjeđenjem i provodjenjem revizije finansijskih izvještaja, finansijskih sistema i transakcija;
• postići transparentnost budžetske potrošnje kroz objavljivanje izvještaja o izvršenoj reviziji i izgradnju odnosa s javnošću;
• poboljšati kvalitetu i pouzdanost finansijskih procesa i obezbijediti informacije i preporuke koje utiču na upravljanje budžetom;
• osigurati zakonitost u radu budžetskih korisnika i identificirati odstupanja radi preduzimanja odgovarajućih aktivnosti;
• omogućiti Predsjedništvu BiH i Parlamentarnoj skupštini BiH uslove i informacije za efikasno upravljanje i kontrolu javnih sredstava kroz proces preispitivanja i provjera na osnovu revizorskih izvještaja;
• povećati povjerenje domaće i strane javnosti u institucije BiH kroz adekvatnost finansijskih kontrola i transparentnost finansijskih transakcija